Od 42 banke u FBiH 2001. godine, Hercegovačka banka je sama obavljala 36 % financijskih tijekova u BiH. Bila je jezgra gospodarstva Hrvata u BiH i hrvatskog napretka u BiH. Ni domaća federalna agencija ni međunarodne revizorske kuće nisu našle bezakonja.

Nakon pljačkaške banka je otišla u stečaj, 4.500 gospodarskih subjekata ostalo je bez svoga novca, 90.000 štediša bez svojih štednji i do danas nitko nije odgovarao radi ovog slučaja.

Uništenje je bilo plod američke politike i drugih država nesklonih Hrvatima, sklonih cementiranju stanja u BiH u kojem Bošnjaci dominiraju a hrvatsko tkivo je eutanazirano. Izvješća o BiH američke Međunarodne krizne skupine ICG uvijek si bila slijedila ideologiju “građanske BiH”, “prevladavaju nacionalizma” i tri partikularna identiteta. Izvješća su ponekad bila samoispunjajuća proročanstva, poput 2000. i 2001. u kojima se “međunarodni dužnosnici pozivaju na striktnu kontrolu rada pojedinih banaka na temelju procjena o stranačko-političkoj orijentaciji njihovih uprava”. Ta su izvješća bila uvod u uništavanje i pljačku Hercegovačke banke i slamanje financijske kralježnice Hrvata u BiH.

3. ožujka 2001. HDZ BiH proglasio je Hrvatsku samoupravu u BiH. Njome je nastojao osporiti vlast u BiH. Sumnjalo se da je novac za financiranje vojnika u okviru Vojske BiH koji su bojkotirali tu vlast stizao iz Hercegovačke banke. Međunarodna zajednica sumnjala je da Hercegovačka banka financira Hrvatsku samoupravu u Bosni i Hercegovini.

Po nalogu međunarodne uprave u BiH organiziran je i izvršen tenkovski upad u Hercegovačku banku radi nasilna gušenja projekta Hrvatske samouprave. 6. travnja 2001. pripadnici SFOR-a i sarajevske federalne policijeblokirali su zapadni dio grada Mostara gdje je sjedište Hercegovačke banke.

Tenkovima su ušle u prizemlje banke, spustili sajle da bi iznijeli trezore. Nisu uspjeli iznijeti trezore.Kad su shvatili da materijal koji je prikupljen nema nikakvih senzacionalnih tvrdnji o “pljački stoljeća”, poduzeli su drugi upad deset dana poslije. Da bi se dojam pojačao, specijalci britanskog SAS-a su upotrijebili eksploziv da iz sefa odnesu bankarsku pričuvu. Pod trezore su stavili eksplozive i raznijeli ih. Demolirali su sve urede u banci. U većini ureda bile su slike pape Ivana Pavla II. Sve slike na kojima je papa su polomili i zgazili.

Akcija je bila neviđeno gaženje prava naroda na samoorganiziranje, jer je međunarodnim moćnicima smetala Hrvatska samouprava. Po etničkom kriteriju uništili su gospodarski subjekt. Takvo odnošenje imovine iz poduzeća po etničkom kriteriju nije se dogodilo od nacističke otimačine židovske imovine.

Zloporabom međunarodnih organizacija i državne policije odnesena je i uništena cjelovita imovina banke, te se s pravom ju naziva pljačkom. Oko 15 milijuna konvertibilnih maraka, inventar, oprema i novac odneseni su. Visoki dužnosnici SFOR-a nikad nisu dokazali nedozvoljene radnje da “Hercegovačka banka financira HDZ BiH i Hrvatsku samoupravu”, premda su to nekoliko puta izjavili.

Revizija Federalne agencije za bankarstvo BiH nije našla nikakvog bezakonja. Politika državnog vrha BiH pod bošnjačkom dominacijom ignorirala je struku te je nastavila s pritiscima. Zbog tih povika angažirana je ugledna međunarodna revizorska kuća koja je dubinski kontrolirala poslovanja i također zaključila da u Hercegovačkoj banci nije bilo nikakvih propusta.

Godinama se u medijima pisalo o “zloporabama i silnome kriminalu”. Plasirane su vijesti da je novac “automobilima i zrakoplovima, u vrećama i torbama” iz Bosne i Hercegovine prebacivan u Hrvatsku u razdoblju od osnivanja Hrvatske samouprave do uvođenja prisilne uprave u Hercegovačku banku.

Bošnjački mediji su optuživali hrvatske banke u Hrvatskoj i nisu se krzmali od teških riječi, govoreći da izgleda “da su banke u Hrvatskoj Anti Jelaviću i ostatku hercegovačke hunte postale ono što su nacistima u Drugom svjetskom ratu bile švicarske banke: stjecište i praonica prljavog, opljačkanog, nezarađenog i krvavog novca”.

Banka se nije oporavila od šoka zbog dvaju upada. Cijelo desetljeće poslije upada životarila servisirajući izdane kredite i bila u položaju likvidacije. Nije donesena niti jedna pravomoćna presuda. Obustavljeni su kazneni procesi protiv ondašnjih prvih ljudi banke. Također je obustavljen politički montirani prvostupanjski proces protiv nekadašnjeg predsjednika HDZ-a BiH Ante Jelavića.

Nakon Jelavićeva sklanjanja u Hrvatsku proces je obustavljen, a nakon toga Sud BiH naložio je obnovu sudskog postupka i poništio prvostupanjsku presudu, kojom je bio osuđen na desetogodišnju zatvorsku kaznu. Nakon što se Jelavić sklonio u Hrvatsku, prizivno vijeće poništilo je prvostupanjsku presudu i naložilo novo suđenje, koje nikada nije nastavljeno.

Banka je nakon upada više od 11 godina bila pod privremenom upravom. Uvedena je odlukom Visokog predstavnika Wolfganga Petritscha. 13. srpnja 2012. Agencija za bankarstvo Federacije Bosne i Hercegovine (FBA) ukinula je dozvolu za rad Hercegovačke banke, otvorila postupak likvidacije i imenovala likvidacijskog upravitelja.

Pljačka stoljeća se po svijetu prepričava kako je Hercegovačka banka bio Dobar posao u Mostaru aludirajući na film Dobar posao u Italiji.